貝塚などから出土する骨などにより動物性の食料では、縄文時代以来の狩猟・漁労によるシカ、イノシシ、アワビ、カキ、マダイ、マグロなどの野生動物や魚介類、カモ、キジなどの野鳥類が食料になっていたことがわかります。このほかに、イヌも食料としていたことが確認されています。イヌは縄文時代には食用とすることはなく、人間と同様に墓をつくって埋葬していました。イヌを食用にする風習は弥生時代に中国大陸や朝鮮半島から新しく渡来したものと考えられます。ニワトリも存在していたことが知られていますが、食用にした確かな証拠がありません。時をつげる動物として神聖視されていたのでしょうか。※イノシシを飼育して食料としていた可能性が、研究者より指摘されています。